工藤新一是全国著名()的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍()武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新()一 的女友毛利()兰来到()了()阿笠博士的家寻找男友()的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造()了自己名叫江户()川柯南，随后柯南寄居在()了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一()可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识()步美()等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！